Sesuai Peraturan Menteri Keuangan RI No.101/PMK.01/2008 tentang Organisasi dan Tata kerja Instansi Vertikal Direktorat Jenderal Perbendaharaan bahwa KPPN Mojokerto mempunyai tugas :

1. Melaksanakan kewenangan Perbendaharaan dan Bendaharawan Umum
2. Penyaluran pembiayaan atas beban anggaran
3. Penatausahaan penerimaan dan pengeluaran anggaran melalui kas negara berdasarkan peraturan perundang-undangan yang berlaku.

Dalam melaksanakan tugas KPPN Mojokerto menyelenggarakan fungsi :

1. Pengujian terhadap dokumen surat perintah pembayaran berdasarkan peraturan perundang-undangan;
2. Penerbitan Surat Perintah Pencairan Dana dari Kas Negara atas nama Menteri Keuangan (Bendaharawan Umum Negara);
3. Pengeluaran Pembiayaan atas beban APBN;
4. Penilaian dan pengesahan terhadap penggunaan uang yang telah disalurkan;
5. Penatausahaan penerimaan dan pengeluaran Negara melalui dan dari Kas Negara;
6. Pengiriman dan penerimaan kiriman uang;
7. Penyusunan Laporan Pelaksanaan APBN;
8. Penyusunan Laporan Realisasi pembiayaan yang berasal dari Pinjaman dan Hibah Luar Negeri;
9. Penatausahaan Penerimaan Negara BukanPajak;
10. Penyelenggaraan verifikasi transaksi keuangandan akuntansi;
11. Pembuatan tanggapan dan penyelesaian  temuan hasil pemeriksaan;
12. Pelaksanaan kehumasan;
13. Pelaksanaan administrasi KPPN.